Während noch während des Mittelalters die Sorge um Kranke zu den gesonderten Aufgaben der Orden und Stifte allein gehörte, errichtete das aufstrebende Bürgertum der beginnenden Neuzeit eigene, kommunale Einrichtungen, um Kranke und sonstige Bedürftige aufnehmen zu können. Der Friedhof konnte am 11. Dezember 1511 vom Salzburger Weihbischof Nikolaus Kaps eingeweiht werden, die Kirche wurde am 2. Mai 1512 durch den Salzburger Weihbischof und Fürstbischof von Chiemsee, Berthold Pürstinger, feierlich konsekriert.
Fürsterzbischof Wolf Dietrich von Raitenau gab 1595 dem Architekten Elia Castello den Auftrag, den Friedhof im italienischen Stil eines Campo Santo neu zu gestalten, der mit einem überdachten Arkadengang umschlossen wurde. In der Mitte des Friedhofes ließ er die Gabrielskapelle als Mausoleum für sich selbst erbauen, geweiht am 29. September 1603.
Spätestens seit 1680, als Fürsterzbischof Maximilian Gandolf von Kuenburg nach der großen Pestepidemie in Wien anordnete, dass der hl. Sebastian als Patron gegen diese Krankheit in der gesamten Erzdiözese besonders zu verehren sei, rückte die Kirche vermehrt in den Mittelpunkt des kirchlichen Lebens Salzburgs. Von 1680 bis 1803 wurde alljährlich am Festtag des Pestpatrons eine große Prozession vom Dom bis nach St. Sebastian gehalten.
1750 wurde das ursprünglich gotische Gotteshaus unter Fürsterzbischof Sigismund Christoph von Schrattenbach im Barock- bzw. Rokokostil umgebaut und am 26. Mai 1754 neu geweiht – St. Sebastian galt danach als eine der schönsten Rokokokirchen Salzburgs. Ein verheerender Stadtbrand im Jahr 1818 zerstörte fast die gesamte Inneneinrichtung samt den Deckenfresken. Der Hochaltar, die sechs Seitenaltäre und einige Stuckaturen blieben jedoch vom Feuer verschont; die Kirche konnte am 2. Juli 1821 neu eingeweiht werden.
Seit über 20 Jahren ist die Salzburger Altritusgemeinde in diesem Gotteshaus zu Hause. Erzbischof Dr. Georg Eder übergab der Gemeinde die Kirche und ernannte P. Klaus Gorges, der bereits seit 1988 in Salzburg wirkte, zum Kirchenrektor. Der alte Kreuzgang des Friedhofs dient heute den zahlreichen kirchlichen Prozessionen, darunter die Lichterprozessionen zu Ehren der Gottesmutter am Vorabend des Fatimatages sowie die großen Prozessionen am Palmsonntag und am Sonntag nach Fronleichnam.
Neben der Sorge um die eigene Kirche und Gemeinde tragen die Priester von St. Sebastian Mitverantwortung für das benachbarte Kapuzinerinnen-Kloster St. Maria Loreto sowie für einen Gottesdienstort in Nussdorf am Inn in Bayern.
Text: P. Jochen Schumacher